COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 28.939828 28.939828 26.548983
2020-12-27 17:00:00 36.001939 25.679059 26.223297
2020-12-26 17:00:00 30.785350 30.785350 25.815957
2020-12-25 17:00:00 28.538234 28.538234 25.498070
2020-12-24 17:00:00 23.372417 23.372417 25.149661
2020-12-23 17:00:00 21.780931 21.780931 24.795948
2020-12-22 17:00:00 24.207503 24.207503 24.487513

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 13.621262 13.621262 21.194673
2020-12-27 17:00:00 18.939394 18.939394 20.835997
2020-12-26 17:00:00 24.817518 24.817518 20.402955
2020-12-25 17:00:00 27.493917 27.493917 20.195825
2020-12-24 17:00:00 17.825739 17.825739 19.628971
2020-12-23 17:00:00 26.288660 26.288660 19.293773
2020-12-22 17:00:00 11.977716 11.977716 19.579898

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 30.909091 30.909091 17.979800
2020-12-27 17:00:00 23.684211 23.684211 17.700849
2020-12-26 17:00:00 44.642857 44.642857 17.604496
2020-12-25 17:00:00 18.956044 18.956044 16.742941
2020-12-24 17:00:00 20.889488 20.889488 15.966002
2020-12-23 17:00:00 14.754098 14.754098 15.522385
2020-12-22 17:00:00 11.382114 11.382114 14.528018

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 14.560440 14.560440 13.209858
2020-12-27 17:00:00 23.645971 23.645971 12.926241
2020-12-26 17:00:00 16.772824 16.772824 12.550369
2020-12-25 17:00:00 12.703905 12.703905 12.070617
2020-12-24 17:00:00 13.125336 13.125336 11.544724
2020-12-23 17:00:00 8.682360 6.848059 11.170684
2020-12-22 17:00:00 12.102243 12.102243 10.767355

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 22.013218 22.013218 13.642417
2020-12-27 17:00:00 31.827515 31.827515 12.733976
2020-12-26 17:00:00 24.976830 24.976830 12.166193
2020-12-25 17:00:00 8.632047 8.632047 12.009931
2020-12-24 17:00:00 8.492507 8.492507 11.588270
2020-12-23 17:00:00 22.838185 22.838185 11.440280
2020-12-22 17:00:00 80.796731 80.796731 11.009437

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 28.376844 28.376844 35.185896
2020-12-27 17:00:00 68.867418 28.928974 35.432296
2020-12-26 17:00:00 48.954558 48.954558 35.428710
2020-12-25 17:00:00 46.788385 36.097668 35.584121
2020-12-24 17:00:00 29.047210 36.919049 35.615449
2020-12-23 17:00:00 23.693599 34.438615 35.134126
2020-12-22 17:00:00 26.200676 26.200676 34.934619

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 32.465278 32.465278 33.564585
2020-12-27 17:00:00 39.669421 39.669421 33.575653
2020-12-26 17:00:00 36.245955 36.245955 31.115085
2020-12-25 17:00:00 37.897469 37.897469 31.517711
2020-12-24 17:00:00 32.259317 32.259317 31.405813
2020-12-23 17:00:00 33.311646 33.311646 31.459811
2020-12-22 17:00:00 28.940432 28.940432 31.777163

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 21.329212 21.329212 23.350442
2020-12-27 17:00:00 26.391140 26.391140 23.079814
2020-12-26 17:00:00 27.511024 27.511024 22.661297
2020-12-25 17:00:00 24.150243 24.150243 22.369643
2020-12-24 17:00:00 23.283262 23.283262 21.686627
2020-12-23 17:00:00 16.004060 16.004060 21.127578
2020-12-22 17:00:00 24.622443 24.622443 20.704617

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 25.859492 25.859492 22.424949
2020-12-27 17:00:00 24.688279 24.688279 22.714296
2020-12-26 17:00:00 31.192661 22.839506 22.673116
2020-12-25 17:00:00 36.003236 18.446602 22.753918
2020-12-24 17:00:00 29.927007 29.927007 23.446497
2020-12-23 17:00:00 23.170732 23.170732 23.647762
2020-12-22 17:00:00 17.632653 17.632653 23.698023

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 26.164384 26.164384 22.763515
2020-12-27 17:00:00 23.138034 23.138034 22.423583
2020-12-26 17:00:00 26.784523 26.784523 22.025126
2020-12-25 17:00:00 26.942793 26.942793 21.792616
2020-12-24 17:00:00 24.291202 24.291202 21.757657
2020-12-23 17:00:00 21.041830 21.041830 21.825795
2020-12-22 17:00:00 20.243491 20.243491 21.896414

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 27.637131 27.637131 13.935745
2020-12-27 17:00:00 33.456562 33.456562 13.634667
2020-12-26 17:00:00 16.220472 16.220472 13.285928
2020-12-25 17:00:00 11.912288 11.912288 13.018872
2020-12-24 17:00:00 11.382337 11.382337 12.942920
2020-12-23 17:00:00 12.474950 12.474950 12.791607
2020-12-22 17:00:00 13.161711 13.161711 12.682344

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 12.500000 12.500000 11.299039
2020-12-27 17:00:00 2.083333 2.083333 10.939866
2020-12-26 17:00:00 7.887324 7.887324 10.494433
2020-12-25 17:00:00 14.406780 14.406780 10.241186
2020-12-24 17:00:00 10.351035 17.557252 9.953024
2020-12-23 17:00:00 3.840683 3.840683 9.516667
2020-12-22 17:00:00 5.069124 5.069124 9.241047

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 29.850746 29.850746 25.704185
2020-12-27 17:00:00 24.463519 24.463519 27.285661
2020-12-26 17:00:00 -2.774566 5.627198 28.575918
2020-12-25 17:00:00 11.942257 43.540670 29.710640
2020-12-24 17:00:00 25.539568 25.539568 31.499700
2020-12-23 17:00:00 24.349442 24.349442 33.616937
2020-12-22 17:00:00 27.419355 27.419355 34.850966

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 66.000000 66.000000 48.039046
2020-12-27 17:00:00 82.692308 82.692308 47.788950
2020-12-26 17:00:00 33.972603 33.972603 45.306336
2020-12-25 17:00:00 68.750000 68.750000 45.092740
2020-12-24 17:00:00 68.194842 68.194842 43.173419
2020-12-23 17:00:00 27.351916 27.351916 43.084309
2020-12-22 17:00:00 48.571429 48.571429 41.980266

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 23.911383 23.911383 29.849603
2020-12-27 17:00:00 29.690461 29.690461 30.178218
2020-12-26 17:00:00 34.577114 34.577114 29.917494
2020-12-25 17:00:00 39.361224 39.361224 30.423937
2020-12-24 17:00:00 30.036942 30.036942 28.605826
2020-12-23 17:00:00 30.155139 30.155139 26.922763
2020-12-22 17:00:00 19.941133 19.941133 25.362727

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 21.245059 21.245059 33.409978
2020-12-27 17:00:00 14.313472 51.230570 33.199578
2020-12-26 17:00:00 63.477246 63.477246 32.954903
2020-12-25 17:00:00 63.544940 63.544940 32.664871
2020-12-24 17:00:00 35.893648 35.893648 32.007218
2020-12-23 17:00:00 19.966087 19.966087 31.577388
2020-12-22 17:00:00 22.937942 22.937942 30.417996

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 14.233577 14.233577 9.917001
2020-12-27 17:00:00 10.526316 10.526316 9.779865
2020-12-26 17:00:00 8.257757 8.257757 9.817579
2020-12-25 17:00:00 12.390185 12.390185 9.560112
2020-12-24 17:00:00 8.999456 8.999456 9.375814
2020-12-23 17:00:00 7.025333 7.025333 9.228030
2020-12-22 17:00:00 7.461476 7.461476 9.075522

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 17.506060 17.506060 17.520527
2020-12-27 17:00:00 19.802555 19.802555 17.462826
2020-12-26 17:00:00 13.474610 17.526371 17.550350
2020-12-25 17:00:00 17.081851 17.081851 17.367033
2020-12-24 17:00:00 17.741265 17.741265 17.218070
2020-12-23 17:00:00 16.044070 16.044070 17.116652
2020-12-22 17:00:00 17.399766 17.399766 17.167912

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 13.660377 13.660377 15.074546
2020-12-27 17:00:00 14.654616 14.654616 14.773672
2020-12-26 17:00:00 21.213720 21.213720 14.595848
2020-12-25 17:00:00 16.106148 16.106148 14.463615
2020-12-24 17:00:00 15.471283 15.471283 14.415379
2020-12-23 17:00:00 10.786015 10.786015 14.264543
2020-12-22 17:00:00 10.582192 10.582192 14.111064

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 30.877193 30.877193 17.602553
2020-12-27 17:00:00 10.778443 10.778443 17.162150
2020-12-26 17:00:00 11.805556 11.805556 17.419190
2020-12-25 17:00:00 26.697353 26.697353 17.302730
2020-12-24 17:00:00 16.013344 16.013344 17.296019
2020-12-23 17:00:00 15.668663 15.668663 17.198196
2020-12-22 17:00:00 9.982487 9.982487 16.877935

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 89.705882 89.705882 29.880064
2020-12-27 17:00:00 21.600000 21.600000 28.717420
2020-12-26 17:00:00 58.536585 58.536585 26.101853
2020-12-25 17:00:00 33.333333 33.333333 24.764167
2020-12-24 17:00:00 26.717557 26.717557 23.047796
2020-12-23 17:00:00 7.586207 7.586207 21.828401
2020-12-22 17:00:00 20.000000 20.000000 20.800117

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-12-28 17:00:00 82.674591 82.674591 68.170726
2020-12-27 17:00:00 81.469727 81.469727 69.129908
2020-12-26 17:00:00 45.255605 45.255605 68.204677
2020-12-25 17:00:00 125.281320 83.945986 68.153161
2020-12-24 17:00:00 63.233355 63.233355 68.264365
2020-12-23 17:00:00 64.273406 64.273406 68.137671
2020-12-22 17:00:00 64.870554 64.870554 67.847225

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 13.621262 13.621262 21.194673
Basilicata 30.909091 30.909091 17.979800
Calabria 14.560440 14.560440 13.209858
Campania 22.013218 22.013218 13.642417
Emilia-Romagna 28.376844 28.376844 35.185896
Friuli Venezia Giulia 32.465278 32.465278 33.564585
Lazio 21.329212 21.329212 23.350442
Liguria 25.859492 25.859492 22.424949
Lombardia 26.164384 26.164384 22.763515
Marche 27.637131 27.637131 13.935745
Molise 12.500000 12.500000 11.299039
P.A. Bolzano 29.850746 29.850746 25.704185
P.A. Trento 66.000000 66.000000 48.039046
Piemonte 23.911383 23.911383 29.849603
Puglia 21.245059 21.245059 33.409978
Sardegna 14.233577 14.233577 9.917001
Sicilia 17.506060 17.506060 17.520527
Toscana 13.660377 13.660377 15.074546
Umbria 30.877193 30.877193 17.602553
Valle d'Aosta 89.705882 89.705882 29.880064
Veneto 82.674591 82.674591 68.170726

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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